De selva húmeda tropical, con alta, densa y frondosa vegetación. Estas montañas interfieren los vientos alisios cargados de humedad, generándose abundante nubosidad y lluvia constante todo el año. Topografía irregular abrupta, de montaña de la Serranía de la Costa.

Bosque ombrófilo submontano semideciduo estacional, bosque ombrófilo submontano, bosque ombrófilo, sabanas y bosque tropófito semiseco, bosques con influencia marítima.

Predominan las especies arbóreas, representadas por cedro amargo (Cedrela fissilis), balso (Ochroma lagopus), bucare (Eritrina poeppigiana), sangre de drago (Pterocarpus acapulcensis), araguaney (Tabebuia chrysantha), indio desnudo (Bursera simaruba) y yagrumo (Cecropia peltata). Entre las palmas destacan el seje (Oenacarpus bataua), la macanilla (bactris sp.) y Asterogyne spicata, una pequeña palma endémica del parque. El sotobosque presenta gran diversidad de plantas herbáceas de los géneros Calathea y Heliconia. Las trepadoras y epífitas están representadas principalmente por las aráceas, bromeliáceas, orquidáceas y piperáceas.

Entre los mamíferos destacan ocho especies de marsupiales, incluyendo el perrito de agua (Chironectes minimus), pereza de tres dedos (Bradypus variegatus), oso melero (Tamandua tetradáctila), y tres especies de cachicamos, entre ellos el cuspón (Priodentes maximus), actualmente en peligro de extinción. Más de 50 especies de murciélagos. Numerosas especies carnívoras, como el jaguar (Panthera onca), el hurón (Galictis vittata), el mapurite (Conepatus semistriauts), el cuchicuchi (Potus flavus). Entre las aves, el águila arpía (Harpya harpija), el paují copete de piedra (Pauxi pauxi) y el cardenalito (Carduelis cucullata), y al menos una decena de especies endémicas o de distribución restringida. Variedad de culebras ponzoñosas y no pozoñosas.